감사원은 감사원법 제 28조에 따라 자체감사 우수기관을 선정하여 감사원 감사를 시행하지 않고 있는데, 수십건의 비리 등을 지적한 기관에 대해 ‘우수기관’으로 선정한 바가 드러났다.

감사원법 제28조(감사의 생략) ① 감사원은 각 중앙관서·지방자치단체 및 정부투자기관의 장이 실시한 자체감사(自體監査)의 결과를 심사하여 자체감사가 적정하게 수행되고 있다고 인정하면 결산 확인 등에 지장이 없는 범위에서 일부 기관에 대한 감사의 일부 또는 전부를 하지 아니할 수 있다.

우수감사활동기관은 감사장이 지명하는 위원으로 구성된 자체감사활동심사위원회에서 기관의 비위사실, 청렴도, 감사활동 노력 정도를 고려하여 선정해야한다.

산업통상자원부의 경우 2013~2014년까지 감사원으로부터 ‘로봇물고기 등 산업기술분야 R&D 관리실태’, ‘방사선 안전관리실태’ 등의 감사에서 79건의 지적을 받았다.

한편, 한국수력원자력도 우수기관으로 선정되었으나, 2013년에 ‘원전부품 안전성 확보 추진실태’ 감사에서 ‘직무 관련 금품수수’로 담당자가 구속되고 해임 요구까지 받은 바 있다.

또한, 2014년에는 ‘공공기관 R&D 투자관리실태’에서 ‘입찰방해 및 참여연구원 인건비 산정 업무 부당 처리’ 등으로 차장과 과장 3명이 정직 처분을 받은 바도 있다.

이와 같이 2015년에 ‘우수기관’으로 선정된 한국수자원공사는 2013~2014년까지 47건, 경찰청은 31건, 경상남도 14건의 지적을 감사원으로부터 받은 바 있다.

김진태 의원은 “감사원이 우수기관을 선정하면서 해당기관의 비위사실, 청렴도, 자체감사활동 노력 정도를 제대로 고려하여 평가한 것인지 의문이다”며 “비리로 구속된 기관까지 포함되어 있는데 이런 제도를 도대체 왜 시행하고 있는지 납득할 수 없다”고 밝혔다.